Mesdames, Messieurs,
Un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été détecté en Afrique du Sud où la situation sanitaire est dégradée. Ce nouveau variant B.1.1.529 est classé comme VOC (« variant of concern ») et nommé variant « Omicron ».
Ce variant dispose d’un nombre très élevé de mutations, de délétions et d’insertions dans la protéine Spike (S), ce qui invite à la plus grande vigilance dans l’attente d’une caractérisation de la pathogénicité, d’un potentiel échappement immunitaire et d’une transmissibilité accrue de ce variant. Il présente également des mutations dans la protéine N.
Il apparaît dès lors nécessaire, en complément de la suspension à compter du 26 novembre et jusqu’au 04 décembre (00h) de tous les vols en provenance de sept pays d’Afrique Australe (Afrique du Sud, Botswana, Eswatini (Swaziland), Lesotho, Mozambique, Namibie, Zimbabwe), de prendre toutes les dispositions nécessaires visant à détecter des cas éventuels sur le territoire national et à limiter la circulation de ce variant du virus. Une attention particulière doit être portée sur les territoires ultramarins de La Réunion et Mayotte qui sont en lien direct ou indirect avec ces pays.
Il convient de noter que ce nouveau variant a également été détecté dans plusieurs autres pays, et notamment en Europe. En France, trois premiers cas ont été détectés à la Réunion et en métropole, et plusieurs autres cas sont en cours d’investigation. Les résultats de séquençage sont attendus sous peu.
A ce stade, le variant omicron peut être confirmé uniquement par séquençage. En revanche, ce dernier ne possédant aucune mutation d’intérêt recherchée actuellement par criblage (L452R, E484K/Q), un résultat de criblage négatif pour les 3 mutations recherchées (soit un résultat noté A0B0C0 dans SI-DEP) ou négatif pour la mutation L452R et indéterminé pour E484K/Q (A8B8C0) peut suggérer sa présence mais n’est pas spécifique.
NB : Il convient de rappeler aux laboratoires que le champ Joker 2 ne doit pas être renseigné si le résultat de la RT-PCR est : négatif “N”, ininterprétable “I” ou non conforme “X”.
En complément d’un résultat de criblage A0B0C0 et A8B8C0, la détection de la délétion 69/70 (détection indirecte par absence d’amplification de la sonde S sur le kit de dépistage RT-PCR de Thermo Fisher ou détection directe par tout autre kit spécifique de criblage détectant la délétion 69/70 et validé pour le variant omicron), de la mutation N501Y ou de la mutation K417N, peut suggérer sa présence.
NB : la délétion 69/70, les mutations N501Y et K417N sont à identifier par la lettre D dans SIDEP dans le champ Joker 2.
1/ Consignes relatives à l’adaptation du dépistage en vue de documenter la circulation de ce variant sur le territoire national
Les consignes mentionnées ci-dessous conviennent quel que soit le statut vaccinal observé
a) Définition de cas :
Afin d’orienter les investigations et les conduites à tenir autour des cas, Santé publique France a publié sur son site une définition de cas disponible via ce lien.
Cette définition complète la définition de cas en vigueur pour les infections à SARS-CoV-2 (actualisées au 30/08/2021) telle que disponible sur le site de Santé publique France. Elles ont pour objectif de prioriser a) les actions de contact-tracing autour de ce nouveau variant, notamment lors d’éventuels clusters ; b) les indications de séquençage à visée interventionnelle pour confirmer la présence de ce variant ; c) les messages de prévention à destination des patients et de leurs contacts à risque.
Elles tiennent compte des techniques de RT-PCR de criblage disponibles actuellement dans les laboratoires de biologie médicale, et pourront être actualisées en fonction de leur évolution.
b) Interrogatoire des personnes dépistées
Il est rappelé aux laboratoires et aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un séjour à l’étranger dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne y ayant séjourné.
En cas de réponse positive, cette mention fait l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP (dans le champ « pays de provenance »).
Une attention particulière devra être portée aux pays à risque vis-à-vis du variant omicron dont la liste (cf. Annexe 1), susceptible d’évoluer dans les jours à venir, est disponible via ce lien.
c) Orientation vers un test RT-PCR
Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé d’orienter toute personne ayant séjourné dans les pays à risque[1] dans les 14 derniers jours ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné et se présentant pour la réalisation d’un dépistage du SARS-CoV-2 vers la réalisation d’un test RT-PCR (y compris si elle se présente pour la réalisation d’un test antigénique, il convient de lui indiquer de réaliser un 2nd test RT-PCR si elle est positive afin de pouvoir par la suite adresser le prélèvement pour séquençage).
d) Conduite à tenir pour les cas
Cas suspect de variant Omicron: Tout cas suspect doit faire l’objet sans délai d’une RT-PCR de criblage. Si le résultat du criblage est A0B0C0 ou A8B8C0, le cas suspect devient cas possible et le séquençage du prélèvement doit être réalisé prioritairement.
Cas possible de variant Omicron : Tout cas possible doit faire l’objet sans délai d’un séquençage interventionnel, seul à même d’apporter une confirmation diagnostique. Les prélèvements à séquencer (avec un Ct < 28) seront à adresser à tout laboratoire en capacité de le faire (plateforme de séquençage CNR, laboratoire qui dispose d’une convention avec une ARS, laboratoire du réseau ANRS-MIE). Les séquençages devront faire l’objet sans délai d’une remontée obligatoire de la séquence et des métadonnées dans la base de données nationale EMERGEN. Si le résultat du séquençage confirme la présence du variant omicron, tout matériel biologique non inactivé disponible doit ensuite être transmis sans délai au CNR.
Tous les cas suspects, possibles ou confirmés de variant Omicron doivent faire l’objet d’un isolement strict jusqu’à la fin de la période d’isolement d’une durée de 10 jours.
Un contact-tracing renforcé sera réalisé par les CPAM pour tous les cas possibles et les ARS pour les cas confirmés.
e) Saisie des résultats dans SI-DEP
Pour assurer un bon suivi des cas suspects, possibles et confirmés, une saisie précise des résultats de tests, de criblages, et de séquençage le cas échéant, est cruciale. Pour rappel, elle doit s’opérer comme suit :
– Le champ obligatoire pays de provenance doit être dûment complété ;
– Le champ JOKER 2 ne doit pas être renseigné si le résultat de la RT-PCR est : négatif “N”, ininterprétable “I” ou non conforme “X” ;
– La délétion 69/70, la mutation N501Y ou la mutation K417N sont à identifier par la lettre D dans SIDEP dans le champ Joker 2 ;
– Le champ JOKER 3 de SI-DEP correspondant aux résultats de séquençage doit être systématiquement saisi.
2/ Mesures sanitaires relatives aux déplacements depuis Mayotte et La Réunion
A partir du 28 novembre, toute personne souhaitant se déplacer en provenance de Mayotte ou de La Réunion et à destination du reste du territoire national devra être munie d’un résultat de test ou d’examen de dépistage négatif réalisé moins de 48 heures avant le déplacement.
Des informations complémentaires sur les mesures aux frontières seront transmises ultérieurement.
Face à la menace que constituent les variants d’intérêt classés VOC par l’OMS, la pleine mobilisation de l’ensemble des acteurs est attendue sur l’ensemble des sujets. Nous vous remercions de votre mobilisation.
Pr. Jérôme Salomon
Directeur Général de la Santé
ANNEXE 1 : Liste des pays à risque, caractérisés par une circulation particulièrement active du virus SARS-CoV-2 et par la découverte d’un variant susceptible de présenter un risque de transmissibilité accrue ou d’échappement immunitaire
· Afrique du Sud
· Botswana
· Eswatini (Swaziland)
· Ile Maurice
· Lesotho
· Malawi
· Mozambique
· Namibie
· Zambie
· Zimbabwe
Cette liste est susceptible d’évoluer. La liste en vigueur à date peut être consultée au IV de l’article 23-6 du décret du 1er juin 2021 modifié prescrivant les mesures générales nécessaires à la gestion de la sortie de crise sanitaire.
[1] Pays caractérisés par une circulation particulièrement active du virus SARS-CoV-2 et par la découverte d’un variant susceptible de présenter un risque de transmissibilité accrue ou d’échappement immunitaire.
Les messages “dgs-urgent” sont émis depuis une boîte à lettres DGS-URGENT@diffusion.dgs-urgent.sante.gouv.fr ou dgs-urgent@dgs.mssante.fr.
Pour vérifier qu’ils ont bien été émis par une personne autorisée du ministère de la santé, consultez la liste des messages disponible sur le site Internet du ministère.
Source : DGS / Mission de l’information et de la communication / Sous-direction Veille et sécurité sanitaire (VSS)
