DGS-Urgent n°2023_01 : Renforcement de la surveillance génomique du SARS-CoV-2 notamment pour les voyageurs en provenance de Chine

Mesdames, Messieurs,

La situation épidémiologique s’est rapidement dégradée en Chine après l’abandon de la politique « zéro Covid ». Le pays fait actuellement face à une vague de contaminations associée à de fortes tensions sur le système de santé.

Les autorités sanitaires chinoises n’ont à ce stade pas signalé l’apparition d’un variant émergent préoccupant. Il apparaît toutefois nécessaire de prendre d’ores et déjà des dispositions pour renforcer la surveillance génomique du SARS-CoV-2 sur le territoire national.

Pour ce faire, les mesures suivantes doivent être mises en place :

a) Interrogatoire des personnes dépistées sur un séjour à l’étranger

Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un éventuel séjour à l’étranger dans les 14 jours précédant la date de début des symptômes ou du prélèvement.

En cas de réponse positive, cette mention du séjour à l’étranger (en précisant le pays) fait l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP (dans le champ « pays de provenance »).

b) Orientation vers un test RT-PCR

Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé d’orienter toute personne ayant séjourné à l’étranger et étant arrivée sur le territoire français depuis moins de 48 heures avant l’apparition des symptômes et se présentant pour la réalisation d’un dépistage du SARS-CoV-2 vers la réalisation d’un test RT-PCR (y compris si elle se présente pour la réalisation d’un test antigénique, il convient de lui demander de réaliser un 2nd test RT-PCR si elle est positive afin de pouvoir par la suite adresser le prélèvement pour séquençage).

c) Réalisation du séquençage

Pour les prélèvements positifs des personnes revenant d’une zone de circulation intense du virus et associée à un sur-risque d’émergence de nouvelle souche dans les 48 heures avant l’apparition des symptômes :

Il est demandé de réaliser de façon prioritaire le séquençage du prélèvement. Les prélèvements à séquencer seront à adresser, au fil de l’eau, au CNR des virus respiratoires avec le bon d’envoi disponible au lien suivant : https://research.pasteur.fr/wp-content/uploads/2015/07/research_pasteur-envirus-influenzaefrvirus-influenzae-bon-envoi-ville-seqchine-vf-2.pdf

Les prélèvements ne doivent pas être criblés, mais directement adressés au CNR des virus respiratoires pour le séquençage.

A date, seule la situation connue en Chine semble justifier une telle consigne.

Pour les prélèvements positifs des personnes revenant d’un autre pays dans les 48 heures avant l’apparition des symptômes :

Il n’est pas nécessaire de transmettre spécifiquement les échantillons au CNR des virus respiratoires. Ces derniers alimenteront la surveillance génomique réalisée en routine via les enquêtes flash notamment.

d) Conduite à tenir pour les cas positifs

La situation ne nécessite pas la mise en œuvre d’une conduite à tenir spécifique pour les personnes positives. La conduite à tenir actuellement en vigueur s’applique.

En complément de ces consignes, les mesures aux frontières sont renforcées :

– Il est recommandé d’envisager un report des voyages non essentiels vers la Chine, tout particulièrement pour les personnes fragiles ou immunodéprimées (https://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays-destination/chine) ;

– L’information aux voyageurs sur la situation sanitaire en Chine et la vigilance à observer au retour en France face à l’apparition de tout signe clinique est renforcée dans les aéroports de Paris ;

– A partir du 5 janvier 2023, tout déplacement vers la France depuis la Chine devra faire l’objet de la présentation au départ de Chine d’un résultat de test antigénique ou RT-PCR négatif datant de moins de 48h. A l’arrivée en France, des tests RT-PCR aléatoires sont proposés depuis le 1er janvier 2023 aux voyageurs de retour de Chine continentale et de Hong-Kong afin d’identifier de façon précoce d’éventuels variants émergents du SARS-CoV-2 ;

– De la même manière, depuis le 31 décembre 2022, le port du masque est obligatoire dans les avions en provenance de la Chine.

Nous vous remercions par avance pour la prise en compte de ces consignes, ainsi que pour votre mobilisation constante tout au long de cette crise sanitaire.

Pr. Jérôme Salomon

Directeur Général de la Santé


Les messages “dgs-urgent” sont émis depuis une boîte à lettres DGS-URGENT@diffusion.dgs-urgent.sante.gouv.fr ou dgs-urgent@dgs.mssante.fr​.
Pour vérifier qu’ils ont bien été émis par une personne autorisée du ministère de la santé, consultez la liste des messages disponible sur le site Internet du ministère.Source : DGS / Mission de l’information et de la communication / Sous-direction Veille et sécurité sanitaire (VSS)
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